良い悪いではなく」という一節を英訳するなら、

it is not good or bad

ではなく、

whether they like it or not

が適切です。

良い悪いではなく、グループのトップが言ったことはやっぱり守っていく必要がある。」という一文を英訳するなら、

Whether they like it or not, it is essential that employees conform to what the senior management of group companies tell them.

が適切です。「良い悪いではなく」は、おそらく「良いか悪いかということではなく」という表現の縮約形でしょう。この文は、容易に理解できないほどに簡略化された日本語表現、なおかつ、直訳的な英訳ではその意味するところが伝えきれない日本語表現の一例です。日本語表現の曖昧性は避けられないため、効果的な翻訳以前に、慎重な解釈が必要です。