AとBで取り扱い方が異なる場合は#印にて表記しております。」という一文を英訳するなら、

If the handling method differs between A and B, mark # is attached.

よりも、

Wherever the method of handling A differs from that of B, this is indicated by a # mark.

の方が適切です。

印刷媒体の種類と異なる場合」という一節を英訳するなら、

if a type of print medium different is acquired

ではなく、

if a type of print medium is acquired that is different to the one

か、もう少し単純な文脈であれば、

if a different type of print medium is acquired

が妥当です。最初の英訳は、形容詞「different」の使い方が不自然で、文法的に正しくありません。

「ドキュメントD3、ドキュメントD4はいずれも本願発明とは全く異なる構造であります。」という一文を英訳するなら、

The inventions of Documents D3 and D4 are of structures totally different from the structure of the present invention.」

より、

The inventions described in Documents D3 and D4 are of structures that are both totally different to the structure of the present invention.

の方が適切です。この例では、2つの発明が比較されているので、「different」を使うのが正解です。