「Zを用いて原水の処理をする。」という一文を英訳するなら、

raw water is treated using Z」ではなく、
「raw water is treated with the use of Z.

です。

「この通信手順は、ISD回線を用いて通信を行う場合の例を示す。」という一文を英訳するなら、

This communication procedure shows a case where communication is performed using the ISDN line

ではなく、

This communication procedure illustrates a case in which communication is performed with the use of an ISDN line.

です。

「引用文献1には、モデルを用いて空気量を算出する点が記載されている。」という一文を英訳するなら、

In Cited Document l there is a description to the effect that the amount of air is calculated using a model

ではなく、

In Cited Document l a description exists to the effect that the amount of air is calculated by use of a model

または

In Cited Document l a description is given to the effect that the amount of air is calculated with the use of a model.

です。